ב 100 שנות קיומה המפוארות ידעה התנועה לטעת שורשים עמוקים בלב חניכיה ולהניח תשתית אשר תבטיח את פוטנציאל ההתחדשות בכל דור ודור. באמצע שנות ה 90, לאחר שנים קשות של משבר קשה לשמאל הישראלי ולתנועה הקיבוצית, נמצאה התנועה בצומת דרכים. מסלול ההגשמה כמעט יבש לחלוטין, מספרי החניכים בקן ירדו עד מאוד ואופני הפעילות של תנועת הנוער ניצבו באלם ואובדן דרך אל מול עלייתה המהירה של התרבות הפוסט-מודרנית והאינדיבידואליזם הקיצוני.
אך היסודות היו בריאים ועמוקים ומתוכם החל נובט חוטר חדש מהגזע השומרי העתיק.
בסוף שנות ה 90, החל תהליך פנימי בתוך תנועת השומר הצעיר של חידוש מסלול ההגשמה. הגרעינים הבוגרים, שבעבר הופנו להשלמה בקיבוצים, ביקשו עכשיו דרך חדשה והקימו קומונות שיתופיות בעלות אופי שיתופי-משימתי. במאי 2001 התקיימה בגבעת חביבה הועידה הארצית ה 10 בנושא "חזון שומרי". הועידה סימלה את תחילת היציאה של התנועה מהמשבר המתמשך שפקד אותה ובה הוגדר מחדש חזונה בנוגע לשלושת ערכי הליבה – ציונות, סוציאליזם ואחוות עמים. הועידה גם הגדירה את עצמה מחדש כ'תנועת חיים' והחליטה על חידוש מסלולי ההגשמה. כך בנוסח ההחלטה:
"תנועת השומר הצעיר רואה ברעיונותיה ובהווייתה דרך חיים. על כן, עלינו לבטא את
הערכים לאורם אנו מחנכים ומתחנכים בתנועת הנוער בחיינו הבוגרים. אנו תנועת חיים.
התנועה תקיים מסגרות שיאפשרו לבוגריה להגשים את הערכים שספגו במהלך שנות חניכותם, ותפעל ליצירת מסגרות נוספות ומגוונות".
(מתוך החלטות הועידה הארצית ה 10 של תנועת השומר הצעיר).
הועידה החליטה על הקמת תהליך 'קבוצות המשך', אשר מטרתו לארגן מתוך תנועת הנוער גרעינים שיתופיים-משימתיים ולהוציאם לשנת שירות במסגרת חוות הכשרה.
השכבה הראשונה שנכנסה לתהליך קבוצות המשך הייתה שכבת 'ביתניה' (ילידי שנת 1984). שמה של השכבה, שנבחר בהשראת קבוצת ביתניה מ 1921, סימל את הקשר בין חידוש ההגשמה בימינו, לבין ראשית ההגשמה השומרית בימי העלייה השלישית. כותרת הסמינר הראשון של תהליך קבוצות המשך הייתה: " בעקבות המעשה החלוצי של חברי קבוצת 'ביתניה' וחברי שכבת 'ביתניה'".
שוב נאספו חבורות חבורות של צעירים מאמינים, שוב נרקמה תורת ההדרכה והשקפת העולם ושוב החלו להתגבש כל אלה לכדי מהלך רחב – בניית תנועה מחדש.
מאז ועד ימינו נכנסו שכבות רבות אל תהליך ההגשמה המחודש, כשכל שכבה מעמיקה אותו ולוקחת אותו צעד אחד קדימה. השכבה עושה את צעדיה הראשונים בתהליך ההגשמה בשנת יא' עם תחילתו של תהליך המסע לפולין, וממשיכה לשנת יב' כשהחניכים מתארגנים לקבוצות המשך. לאורך שנה זו עוברים החניכים סמינרים בנושאים שונים המכשירים אותם לשנת השירות במסגרת חוות הכשרה. עם סיום שלב זה יוצאים חברי התנועה לחוות ההכשרה בתור גרעינים שיתופיים-משימתיים. לציון היציאה לחוות ההכשרה מוענק להם סמל הבוגרים של התנועה המסמל את יציאתם להגשמה.
חוות ההכשרה הינה גולת הכותרת של תהליך ההתחנכות בתנועת הנוער. במהלכה חיים הקומונרים בשיתוף ושוויון, תוך פיתוח תרבות, כלכלה והווי ייחודיים לגרעין. חברי הגרעינים הם חוד החנית המשימתי של תנועת הנוער. במהלך השנה הם פועלים ומדריכים בקני התנועה ברחבי הארץ ואחראים על פעילויות אזוריות וארציות.
עם סיום פרק חוות ההכשרה מתגייסים חברי התנועה אשר בחרו בכך לשירות צבאי במסלול הנח"ל במסגרת גרעין. מסלול הנח"ל הוא מסלול התנדבותי-חלוצי שאורכו 38 חודשים וייעודו משלב שמירה על ביטחונה הלאומי של המדינה יחד עם יצירה של חוסנה החברתי. חיילי הנח"ל משרתים בתפקידים קרביים בגדוד 50 ובגדוד המעורב קרקל (בנים ובנות יחד), בתפקידי פיקוד, חינוך והדרכה בתור מכ"יות מגל, מד"ניות ובתפקידים נוספים בחיל החינוך והנוער. כחלק מייעוד הנח"ל, חברי וחברות הגרעינים מבצעים את פרק המשימה הלאומית – שנה בה הגרעין חי יחד ופועל בחינוך בשכונות ובערים. לאחר פרק זה, חוזרים בני הגרעין לשירות קרבי של 8 חודשים במסגרת חטיבת הנח"ל. כמו כן, חברות וחברי תנועה רבים יוצאים לקורסי פיקוד וקצונה במסגרת מסלול הנח"ל וחוזרים לקחת אחריות על הגדודים השונים ועל חיל חינוך.
עם שחרורם מהצבא מצטרפים הגרעינים ל"בית היוצר" במסגרת תנועת הבוגרים של השומר הצעיר. תנועת הבוגרים מהווה את אפיק ההגשמה המרכזי לחניכי תנועת הנוער, ומאפשרת הלכה למעשה להגשים את ערכי התנועה בחייהם הבוגרים ובמסגרת תנועתית.
תנועת הבוגרים הינה רשת של קיבוצי קבוצות מחנכים וקבוצות שיתופיות-משימתיות הפרוסות ברחבי הארץ ובהן מאות חברות וחברים. התנועה פועלת ברוח מורשת המרד של תנועת הנוער בשואה, מפעלות תנועת העבודה, הקיבוץ השיתופי והחלוציות ליצירת חברה סולידרית. התנועה שואפת לעצב מחדש את סדר היום הלאומי והחינוכי במדינת ישראל זאת על ידי מעגלי משימה שונים בהם מתחנכים אלפי בני ובנות נוער מדי יום, במגוון צורות ואופנים. מטרה מרכזית של התנועה היא חידוש אורח החיים השיתופי-משימתי בישראל.
רבה הדרך שעוד לפנינו, עד חזרתנו להוביל מחדש כבעבר את הגה הציונות והחברה הישראלית. אך אט אט הולך ומתגבש כוחה של תנועת השומר הצעיר ככוח משמעותי, מאורגן, רלוונטי, חדור אמונה ומחוייב למימושה של הברית ההיסטורית בין התנועה לבין העם היהודי והחברה הישראלית.